Il Conflitto tra i Comuni e l'impero
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In occasione della sua incoronazione, si impegnò con la Chiesa per condurre una crociata contro gli infedeli, anche se poco dopo rimandò la partenza, impegnato a combattere l'anarchia feudale in Sicilia e l'autonomia dei Comuni lombardi. Questi infatti nel 1226 ricostituirono la Lega lombarda, originariamente formata contro il nonno di Federico, l'imperatore Federico I; l'anno seguente il sovrano annullò la pace di Costanza e mise al bando i Comuni lombardi. Minacciato varie volte di scomunica se non avesse rispettato la parola data al momento dell'incoronazione, Federico nel 1228 guidò la quinta crociata in Terra Santa dove, tramite un accordo con il sultano d'Egitto, ottenne Gerusalemme e concluse una tregua di dieci anni. Sposatosi con Iolanda di Brienne, figlia del re di Gerusalemme, e poco dopo rimasto vedovo, ottenne il titolo di re di Gerusalemme e fu incoronato nella stessa città nel 1229.
Ritornato in Europa, fu impegnato su due fronti: in Germania, i principi guidati dal figlio, Enrico VII (re di Germania dal 1228), si sollevarono contro l'imperatore, che riuscì a ristabilire la pace solo nel 1235, con la grande tregua di Magonza; in Italia i comuni lombardi di parte guelfa si erano alleati con il pontefice. Nel 1237, con la battaglia di Cortenuova, Federico ottenne una vittoria decisiva sulla Lega Lombarda; ma la disputa con il papato durò ancora a lungo, tanto che l'imperatore fu scomunicato altre due volte, la prima nel 1239 da papa Gregorio IX e la seconda nel 1245 da papa Innocenzo IV. Nel 1231, in Sicilia, promulgò un nuovo codice di leggi conosciuto come le Costituzioni melfitane, considerato la migliore legislazione di un sovrano occidentale dai tempi di Carlo Magno. La sua corte siciliana fu un importante centro culturale, dove confluirono le tradizioni latine, greche e arabe, dove musulmani ed ebrei vennero trattati con la massima tolleranza, e che lo stesso Dante definì culla della poesia italiana. Lo stesso Federico, colto e studioso di filosofia e di scienza, partecipò a varie dispute intellettuali. Nel 1224, Federico fondò l'Università di Napoli. Alla sua morte il regno di Sicilia passò al figlio Corrado IV.