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Lo sviluppo commerciale e politico di Pisa fu concomitante a quello di Genova, cui la città fu inizialmente legata da rapporti di collaborazione , soprattutto in relazione alla lotta contro la pirateria saracena. Le due città seppero sottrarre ai musulmani il predominio sulle isole dell’arcipelago toscano, sulla Sardegna e sulla Corsica, affermando pienamente la propria supremazia. Gli interessi commerciali di Pisa non si limitavano al solo Mediterraneo: essi si stendevano in tutto il Medio Oriente, dove la Repubblica aveva empori e fondachi in molte località. Anche Pisa infatti seppe abilmente sfruttare, come le altre Repubbliche marinare, le crociate alle quali diedero significativi apporti trasportando i crociati in Terra Santa o partecipando alle spedizioni militari.
Tuttavia lo slancio espansionistico di Pisa si esaurì presto nelle lotte interne delle fazioni cittadine e nelle sfibranti guerre territoriali con Lucca e Firenze.
A Pisa il potere detenuto dal vescovo-conte, venne condiviso dal secolo XI dalla Compagnia pisana che raccoglieva nobili, armatori, mercanti, ma fu sotto il governo di consoli elettivi che la città raggiunse il suo massimo splendore.
Dalla seconda metà del XII secolo la rivalità con Genova si fece sempre più accesa, fino a sfociare in una lotta che si concluse nel 1284 con una pesantissima sconfitta pisana da parte dei Genovesi nella battaglia della Meloria. Pisa fu costretta a cedere la Corsica e la Sardegna venne occupata dagli Aragonesi.