Durante i vari millenni che seguirono il cambiamento
di vita dei Maya da nomadi a sedentari, la loro religione venne a modificarsi in
conformità delle nuove condizioni. In principio la religione dei Maya fu semplicemente un
culto della natura che richiedeva pochi apparati, nessun sacerdote, nessuna cerimonia
complicata, nessun luogo di culto particolare. Ogni capofamiglia era probabilmente il
sacerdote del nucleo famigliare, e il tempio della famiglia era poco più di una capanna
provvisoria annessa alle altrettanto provvisorie dimore. Più tardi fu introdotta l'agricoltura che portò a dimore stabili e una maggiore quantità di tempo libero; la religione si fece più organizzata con una suddivisione degli dèi più minuziosa. Sorse un sacerdozio il cui compito era quello di interpretare presso il popolo la volontà degli dèi. Si sentì il bisogno di templi più stabili; la religione divenne una faccenda di pochi. Le dimore stabili resero possibile la costruzione di centri cerimoniali più duraturi e incoraggiarono l'erezione di santuari più ambiziosi e lo sviluppo di un complicato rituale.
Questa religione, in quanto distaccata
dalla gente comune, ebbe un carattere altamente esoterico.
Fu interpretata e servita da una ristretta organizzazione sacerdotale composta di
astronomi, matematici, profeti, esecutori di riti e, come divenne più complessa, persino
di esperti amministratori e di uomini di Stato.La religione Maya subì il suo cambiamento finale quando gli Spagnoli sostituirono con la forza il cristianesimo alle vecchie credenze e pratiche pagane, verso la metà del XVI secolo.
Le poche sopravvivenze dell'antica religione che sono ancora rimaste non derivano dal culto esoterico e dalla complessa teologia della classe sacerdotale, ma dalle credenze in semplici divinità della natura, come i Chac egli dèi della fertilità. Le credenze nate nella vita quotidiana della gente comune sono sopravvissute alle divinità inventate dai sacerdoti.